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為什么使用Small RNA測序?

Small RNA主要包括miRNA、siRNA、snRNA、snoRNA、piRNA、tsRNA(tRF&tiRNA)等,是一類不具有蛋白編碼能力的RNA分子,能調控基因表達,在細胞生長、發育、代謝等基礎生物學過程中都扮演著重要的角色,甚至在癌癥等相關疾病形成過程中也起著關鍵的作用。高通量測序技術省去了煩瑣的Small RNA克隆文庫構建過程,可以一次性生成上百萬條Small RNA序列,能夠快速鑒定特定條件下表達的已知Small RNA并發現新的Small RNA,同時還可以研究不同條件下Small RNA的表達差異,并可以聯合轉錄組測序表達譜數據進行關聯分析。

為什么選擇烈冰科技?

  • 經驗豐富的技術人員和專業的生物信息團隊,結合多年經驗,針對動物(包括外泌體)Small RNA(miRNA、piRNA、tsRNA)、植物Small RNA(miRNA、siRNA)等為您提供定制化實驗分析方案。
  • Ion Proton測序平臺:使用單端測序+鏈特異性測序,對miRNA有先天優勢;
  • 分辨率高,可以檢測到miRNA單個堿基的差異,可區分相同家族以及序列極為相似的不同小RNA分子;
  • 不僅能高效準確發現并注釋非模式物種新的miRNA,還能進行piRNA、tiRNA、tRF、siRNA等最新的研究;
  • 及時更新miRBase、miRanda、RNAhybrid等專業miRNA數據庫以及靶基因預測算法,保證分析結果緊跟國際最前沿;

1、 研究small RNA的生物學功能


2、 Small RNA的靶標分析和調控網絡


3、 預測新的small RNA并定量其表達


4、 piRNA、tiRNA、tRF、siRNA等定制分析


5、 結合其他組學數據(mRNA、lncRNA、circRNA、甲基化等),進行深入挖掘

1、small RNA與腫瘤(miRNA在很多腫瘤中調控癌基因的表達,研究癌癥發生的原因和抑制癌細胞生長)


2、small RNA與病毒感染(研究宿主與病毒間的microRNA-mRNA相互作用機制)


3、small RNA與免疫反應(人體免疫反應非常依賴各種信號通路,研究小RNA如何調控這些信號強度,從而做出免疫應答)


4、small RNA介導的基因沉默(植物內源small RNA在調控基因表達過程中起重要作用,它們可以通過激活或抑制特定基因的表達,從而影響植物的多個生物學過程。)

1. 組織樣品


動物組織:>200mg


植物組織:>200mg


細胞培養:>2x10^6個


全血:>3ml


菌體:>2x10^6個或>300mg

2. RNA樣品


1)請提供體積15 μL - 100 μL,總量≥10μg,濃度≥ 200ng/μL的RNA;


2)OD260/280介于1.8~2.2之間,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S≥1.0,確保RNA無降解;


3)送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;


4)樣品保存期間切忌反復凍融;


5)送樣時請使用干冰運輸。


3. 不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢


實驗流程

數據分析流程

>>動物小rna






>>植物小rna


文獻示例

1. Liu R, et al. DNMT1-microRNA126 epigenetic circuit contributes to esophageal squamous cell carcinoma growth via ADAM9-EGFR-AKT signaling. Clin Cancer Res. 2015 Feb 15;21(4):854-63. (IF=8.193)
DNMT1-microRNA126表觀遺傳回路通過ADAM9-EGFR-AKT信號通路促進食管鱗狀細胞癌生長

2. He Q, et al. Downregulation of miR-7116-5p in microglia by MPP1 sensitizes TNF-a production to induce dopaminergic neuron damage. Glia. 2017 Aug;65(8):1251-1263. (IF=6.2)
小膠質細胞中miR-7116-5p的敲低誘導TNF-α產生,導致多巴胺能神經元損傷

3. Xu C, et al. Integrated microRNA-mRNA analyses reveal OPLL specific microRNA regulatory network using high-throughput sequencing. Sci Rep. 2016 Feb 12;6:21580. (IF=5.578)
利用高通量測序microRNA-mRNA調控網絡分析揭秘OPLL特異性microRNA調控網絡

4. Cheng T, et al. MeCP2 Suppresses Nuclear MicroRNA Processing and Dendritic Growth by Regulating the DGCR8/Drosha Complex. Dev Cell. 2014 Mar 10;28(5):547-60. (IF=14.08)
MeCP2通過調控DGCR8 / Drosha復合物抑制核微小RNA加工和樹突生長

5. Su X, et al. miRNomes of haematopoietic stem cells and dendritic cells identify miR-30b as a regulator of Notch1. Nat Commun. 2013;4:2903. (IF=10.02)
miRNomes的造血干細胞和樹突狀細胞識別miR-30b調節Notch1

6. Xu C, et al. miRNA-100 Inhibits Human Bladder Urothelial Carcinogenesis by Directly Targeting mTOR. Molecular Cancer Therapeutics. 2013, Feb 12:207-219. (IF=5.599)
miRNA-100通過直接靶向調節mTOR來抑制人膀胱尿路上皮癌變

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