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為什么使用lncRNA測序?

Long non-coding RNA(長鏈非編碼RNA,lncRNA)長度大于200nt,是一種缺乏開放閱讀編碼框的非編碼RNA,主要分布在細胞核和細胞質中。它們存在帶polyA尾和不帶polyA尾兩種形式,具有跨物種的低保守性,組織特異性表達和豐度低等特點。lncRNA的種類遠遠超過編碼RNA,保守估計哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生lncRNA轉錄本,而相應的蛋白編碼RNA的比例僅是1%~5%。近年來,越要越多的研究表明,lncRNA廣泛地參與基因表達的調控(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等),在細胞的增值、分化、凋亡以及腫瘤的發生、發展中發揮重要作用。lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點,借助高通量測序,研究人員能夠對 lncRNAs的類別、功能進行全方位的深入分析,從而快速全面準確地獲得與特定生物學過程(例如發育、疾病等)相關 lncRNA信息。

為什么選擇烈冰科技?

  • 不僅能定量分析已知的lncRNA,還能通過Stringtie重建轉錄本預測新的lncRNA;
  • 整合并定時升級國際公認數據庫(如NP Inter等),確保后期分析緊跟國際最前沿;
  • 結合NovelBio多個分析模塊,深度挖掘lncRNA與蛋白質、mRNA、miRNA、TF等之間的關系;
  • 結合NovelBio多年的生物信息分析體系以及目前國際上lncRNA相關的高分文獻分析思路,根據客戶研究方向,針對不同的生物學問題設計定制化的方案。

1、 定量表達lncRNA,找出關鍵lncRNA;


2、 lncRNA在基因上的對應位置分析;


3、預測新的lncRNA,定量表達分析其動能;


4、結合其他組學(mRNA、miRNA、蛋白質等)數據,深入挖掘生物學意義

1、lncRNA與癌癥(lncRNA在癌癥中顯示出多種生物學功能:包括表觀遺傳調控、DNA損傷和細胞周期、對miRNA的調控、參與信號轉導通路和介導激素導致的癌癥等。通過高通量測序,研究者可以研究lncRNA的調控網絡和生物功能,探究發病原理,研究抗癌藥物等)


2、lncRNA與代謝及心腦血管疾病(心腦血管疾病以及相關的代謝疾病是一類嚴重威脅現代人身體健康的疾病,很多研究表明lncRNA與心血管疾病有著密切聯系。利用細胞、血管、血漿等臨床常見樣本,通過高通量測序,研究者可以分析lncRNA的來源、分類、作用機制等)


3、lncRNA與生殖、發育、再生(lncRNA廣泛參與生物體的生長發育、生殖健康、組織再生等基本生物學過程。通過高通量測序,研究者可以深入探討生物生長發育等過程中的lncRNA表達變化,并進一步揭示lncRNA的重要功能。)


4、lncRNA與藥物(藥物相關的lncRNA研究是一類極為重要、具有重大應用價值的研究方向。利用高通量測序,研究者可以對藥物的藥理、毒理、成癮性、安全評估等方面進行系統而全面的分析)

1. 組織樣品


動物組織:≥30mg


植物組織:≥50mg


細胞培養:≥2x10^5個


全血:≥5ml


菌體:≥2x10^5個或≥30mg


2. RNA樣品


1)去蛋白并進行Dnase處理后的完整無污染總RNA:總


量≥5μg,濃度≥ 200ng/μL;


2)OD260/280介于1.8~2.2之間,OD260/230≥2.0,


RIN≥7,28S:18S≥1.0,確保RNA無降解;



3)送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;


4)樣品保存期間切忌反復凍融;


5)送樣時請使用干冰運輸。


3. 不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢

實驗流程

數據分析流程

文獻示例

1. Sun D,et al.LncRNA GAS5 inhibits microglial M2 polarization and exacerbates demyelination. EMBO Rep. 2017 Oct;18(10):1801-1816. (IF=8.568)
LncRNA GAS5抑制小膠質細胞的M2極化,并加劇脫髓鞘

2. Zhang E, et al. H3K27 acetylation activated-long non-coding RNA CCAT1 affects cell proliferation and migration by regulating SPRY4 and HOXB13 expression in esophageal squamous cell carcinoma. Nucleic Acids Res.  2017 Apr 7;45(6):3086-3101.. (IF=10.162)
H3K27乙酰化激活的lncRNA CCAT1通過調控食管鱗狀細胞癌中SPRY4和HOXB13的表達來影響細胞增殖和遷移

3. Xu C, et al. Long non-coding rna gas5 control human embryonic stem cell self renewal by maintaining nodal signaling. Nat Commun. 2016 Nov 4;7:13287. (IF=12.124)
lncRNA gas5通過維持節點信號控制人胚胎干細胞自我更新


4. Xu T, et al. SP1-induced upregulation ofthe long noncoding RNA TINCR regulates cell proliferation and apoptosis byaffecting KLF2 mRNA stability in gastric cancer. Oncogene. 2015 Nov 5;34(45):5648-61. (IF=8.459)
SP1誘導的lncRNA TINCR上調,通過影響胃癌KLF2 mRNA穩定性來調節細胞增殖和凋亡


5. Yang F, et al. Long Noncoding RNA High Expression in Hepatocellular Carcinoma Facilitates Tumor Growth Through Enhancer of Zeste Homolog 2 in Humans. Hepatology. 2011 Nov;54(5):1679-89. (IF=12.003)
長鏈非編碼RNA在肝癌中的高表達通過體內Zeste Homolog 2的增強促進腫瘤生長

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