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為什么使用circRNA測序?

環狀RNA(circular RNA,circRNA)不同于傳統線性RNA,它是一類具有特殊環形結構的非編碼RNA,在基因表達調控中起著重要作用,是臨床診斷和治療疾病的重要手段。近幾年的研究表明,circRNA在生物的生長發育、對外界環境的抵御等方面具有重要的調控作用。circRNA在腫瘤領域的研究非常熱門,已有研究表明circRNA與白血病、惡性膠質瘤、胃癌、肝癌等疾病的發生、發展密切關聯。

為什么選擇烈冰科技?

  • 應用范圍廣,可以檢測幾乎任何動植物的circRNA
  • 高深度覆蓋,可以檢測到低豐度的稀有circRNA
  • 強大的生物信息學團隊,提供新circRNA鑒定、circRNA功能預測、circRNA分子標志物篩選等深入分析易讀性強的數據報告
  • 結合NovelBio多年的生物信息分析體系以及目前國際上circRNA相關的高分文獻分析思路,根據客戶研究方向,聯合其他組學內容(miRNA、mRNA等),針對不同的生物學問題設計定制化的方案。

1、定量表達circRNA,找出關鍵circRNA;


2、組間共有特有差異circRNA可視化;


3、 鑒定新的circRNA,定量表達分析其動能;


4、 結合其他組學(mRNA、miRNA、蛋白質等)數據,深入挖掘生物學意義

1、circRNA與腫瘤(circRNA與白血病、惡性膠質瘤、胃癌、肝癌等疾病的發生、發展密切關聯,通過高通量測序研究相關circRNA的作用機制等)


2、circRNA與細胞周期(circRNA與細胞周期進程、細胞衰老密切相關,通過高通量測序,研究circRNA對細胞周期和增殖能力影響的機理和調節機制等)


3、circRNA與疾病(阿茲海默癥、糖尿病、骨關節炎、病毒性肝炎、動脈硬化性血管病等疾病都與circRNA密切相關,通過高通量測序研究circRNA在這些疾病發生中的作用機理、作為分子標記物的診斷價值及在疾病治療中的作用等)


4、circRNA與標志物(circRNA是封閉環形結構,耐受核酸外切酶降解,比線性mRNA更加穩定。外泌體攜帶有蛋白、mRNA和microRNA等,可以作為疾病診斷的生物標志物)

1. 組織樣品


動物組織:≥30mg


植物組織:≥50mg


細胞培養:≥2x10^5個


全血:≥5ml


菌體:≥2x10^5個或≥30mg


2. RNA樣品


1)去蛋白并進行Dnase處理后的完整無污染總RNA:總


量≥2μg,濃度≥ 200ng/μL;

2)OD260/280介于1.8~2.2之間,OD260/230≥2.0,


RIN≥7,28S:18S≥1.0,確保RNA無降解;


3)送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;


4)樣品保存期間切忌反復凍融;


5)送樣時請使用干冰運輸。


3. 不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢

實驗流程

數據分析流程

文獻示例

1. Zheng Q, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nat Commun. 2016 Apr 6;7:11215. (IF=11.47)
環狀RNA分析發現大量circHIPK3通過結合眾多miRNA來調節細胞生長

2. Liu Q, et al. Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 ‘Sponge’ in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016 Mar 2;6:22572. (IF=5.578)
與軟骨細胞ECM相關的環狀RNA在人軟骨退化中作為MiR-136的'海綿體'來調節MMP13的表達

3. Lai, Z.Y. et al. Analysis of co-expression networks for circularRNAs and mRNAs reveals that circular RNAshsa_circ_0047905, hsa_circ_0138960 and hascircRNA7690-15 are candidate oncogenes in gastriccancer. Cell Cycle. 2017 Oct 5:1-11. (IF=3.53)
環狀RNA和mRNA的共表達網絡的分析揭示了環狀RNA hsa_circ_0047905,hsa_circ_0138960和hascircRNA7690-15是胃癌中的候選癌基因

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