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為什么使用轉錄組測序?

轉錄組學,是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉錄及轉錄調控規律的學科。轉錄組測序的研究對象是特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有mRNA的總和。新一代高通量測序技術能夠全面快速的獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學的重要問題。轉錄組測序分析已廣泛應用于臨床診斷、基礎研究和藥物研發等領域。


為什么選擇烈冰科技?

  • NovelBio團隊擁有多年轉錄組測序分析經驗,自主研發了多個國際認可的軟件,如差異可變剪接算法ASD、CASH等,檢出率和準確度超過同類軟件;
  • 不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數據,制定多套流程;
  • 整合了眾多學界公認的轉錄組相關數據庫,從本質上提高后期分析的廣度和精度;


1、定量基因表達,找出關鍵基因;


2、研究基因的可變剪接;


3、構建自己的轉錄組數據庫;


4、個性化分析(基因結構的優化、新轉錄本預測、SNP分析、Indel分析等);


結合其他組學的數據(如DNA甲基化、組蛋白修飾等),進行深入分析。



1、在動植物研究領域,可以通過轉錄組測序來從頭構建某一物種的參考基因集,或者通過轉錄組測序的數據對已有


的基因集進行補充和優化;


2、在醫學研究領域,可以通過轉錄組測序來找出疾病與正常組織差異表達的基因,或者尋找疾病組織特異表達的基


因或轉錄本(融合基因、新轉錄本等),用于尋找疾病特異的biomarker。


1、組織樣品


動物組織≥1g


植物組織≥2g


細胞樣品≥1×10^6個


全血≥2mL


菌體≥10^6個或≥30mg


2、RNA樣品;


樣品需求量:RNA≥10 μg;


樣品濃度:RNA樣品≥100 ng/μl;

樣品純度:OD260/OD280在1.8-2.2之間,


OD260/OD230≥2,


28S/18S≥1,


動物樣品RIN≥7.0,


植物樣品RIN≥6.5,


RNA無明顯降解;


3、不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢

實驗流程

數據分析流程


文獻示例

1. Wei, J. et al. The GARP Complex Is Involved in Intracellular Cholesterol Transport via Targeting NPC2 to Lysosomes. Cell Rep. 2017 Jun;19(13):2823-2835.(IF=8.282)
GARP復合物通過促進NPC2到溶酶體的轉運參與細胞內膽固醇運輸

2.Wu, W. et al. CASH: a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events. Brief Bioinform. 2017 Feb;1-13. doi:10.1093/bib/bbx034 (IF=5.134)
CASH:通過構建綜合拼接點的方法檢測可變剪接事件

3. Liu Z,et al.Autism-like behaviours and germline transmission in transgenic monkeys overexpressing MeCP2. Nature. 2016 Feb 4;530(7588):98-102. (IF=41.456)
過表達MeCP2的轉基因猴子的自閉癥行為和種系遺傳

4.Hu, Y. et al. Interactions of OsMADS1 with floral homeotic genes in rice flower development. Mol. Plant 2015 Sep;8(9):1366-1384 (IF=8.827)
OsMADS1與花卉同源基因在水稻花發育中的相互作用

5.Wang F, et al. Alternative splicing of the androgen receptor in polycystic ovary syndrome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Apr 14;112(15):4743-8. (IF=9.681)
雄激素受體在多囊卵巢綜合征中的可變剪接


6.Zhou X, et al. Transcriptome analysis of alternative splicing events regulated by SRSF10 reveals position-dependent splicing modulation. Nucleic Acids Res. 2014 Apr;42(6):4019-30. (IF=8.278)
由SRSF10調控的可變剪接事件的轉錄組分析揭示位置相關的拼接調制

7. Xu J, et al. DNMT3A Arg882 mutation drives chronic myelomonocytic leukemia through disturbing gene expression/DNA methylation in hematopoietic cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Feb 18;111(7):2620-5. (IF=9.681)
DNMT3A Arg882突變通過干擾造血細胞中的基因表達/ DNA甲基化來驅動慢性骨髓單核細胞性白血病


8.Zhang H, et al. Mutation in CSA creates a new photoperiod-sensitive genic male sterile line applicable for hybrid rice seed production. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jan 2;110(1):76-81. (IF=9.674)
CSA的突變創造了一個適用于雜交水稻制種的新型光敏感雄性不育系

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