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為什么使用CpG島精準甲基化測序?

CpG島是基因組中一些富含雙核苷酸 “CG”的區域,具有重要的招募轉錄因子的作用,其高甲基化狀態會影響其對轉錄因子的招募,從而影響了基因表達。哺乳動物DNA甲基化主要即為CG型,而富含CpG二核苷酸的CpG島常位于轉錄調控區附近,與56%的人類基因組編碼基因相關。上海烈冰與Agilent公司聯手推出的CpG島精準甲基化測序,采用SureSelect系統進行靶標富集,全面覆蓋基因組中最具表觀遺傳學研究意義的區域,極大提高測序數據有效性,達到單堿基分辨率,同時降低成本,縮短測序時長,實現多樣本實驗。

為什么選擇烈冰科技?

  • 精準覆蓋:采用SureSelect靶標富集系統,可覆蓋370萬CpG,包括CpG島、GENCODE啟動子、癌癥以及組織特異性DMR等,對具有生物學意義的甲基化位點實現全面覆蓋
  • 高深度:只需10Gb數據可達100乘覆蓋深度,是普通測序深度的3倍,極大提高了對低頻甲基化位點的探測率
  • 高靈敏度:采用Bisulfite轉化前捕獲,對甲基化和非甲基化均等捕獲;單堿基分辨率,可精準檢測每個胞嘧啶的甲基化狀態
  • 低成本、高效率:使用液體捕獲技術,大大提高捕獲效率;同時靶標區域的選擇策略可降低成本,得以實現多樣本快速實驗

1、CpG島以及島岸/島架的甲基化狀態


2、組織特異性DMR在不同組織樣本中的甲基化差異


3、癌癥等疾病相關區域的甲基化異常對疾病的影響


4、啟動子、增強子和Dnase Ⅰ高敏感位點等調控序列的甲基化對基因表達的影響


1、表觀遺傳學研究:DNA甲基化在維持正常的細胞功能、染色體結構、X染色體失活等方面起重要作用,有利于對人體表觀遺傳學的研究


2、早期癌癥檢測:單基因及基因組水平DNA甲基化異常改變被視為細胞惡性轉化的標記,通過對基因進行甲基化測序可檢測早期癌癥


3、胚胎發育研究:DNA甲基化在遺傳標記,胚胎發育過程中擔任重要作用,可用于胚胎發育研究


4、iPS和干細胞研究:可用于干細胞分化過程和iPS細胞的甲基化分析和檢測

(1)組織樣品≥50mg


(2)DNA樣品


請提供總量≥3μg/樣本,濃度≥100ng/μL的DNA;OD260/280介于1.8-2.0之間;

電泳檢測無明顯RNA污染,基因組條帶清晰、完整,無降解;送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;

樣品保存期間切忌反復凍融;送樣時請使用干冰運輸。


注:不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢

實驗流程

數據分析流程

結果示例

文獻示例

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