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為什么使用全基因組甲基化測序?

全基因組甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)作為甲基化測序的“金標準”,以高通量測序平臺為基礎,結合重亞硫酸鹽(Bisulfite,BS)處理和生物信息數據分析,對有參考基因組的物種在全基因組水平進行全面、高效、高準確度的甲基化研究,從而構建單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化水平圖譜。

為什么選擇烈冰科技?

  • 實驗流程最優化:建庫具有鏈特異性、起始DNA少、GC偏好性弱、基因組覆蓋度高等特點,實驗各方面指標達到最優;
  • 精心挑選專業分析工具:全面整合被CNS級別文章廣泛選用的Bismark、MethylKit等專業甲基化數據分析工具,并進行優化;
  • 專業可靠的數據分析:拒絕默認參數,通過預分析選擇最佳的數據分析參數和策略,優化數據的比對率和可靠性,對甲基化信息進行全面注釋和統計分析;
  • 甲基化分析可定制: 烈冰專業技術團隊可提供個性化的實驗方案設計,以及多組學聯合分析,如甲基化與轉錄組的聯合分析等,助力提高科研成果發表水平。

1、基因組整體甲基化水平在不同樣本中的差異


2、組織特異性DMR在不同組織樣本中的甲基化差異


3、啟動子、增強子等調控序列的甲基化對基因表達的影響


4、篩選出癌癥等疾病組織中甲基化水平異常改變的位點

1、植物逆境脅迫研究:植物中DNA甲基化受環境影響較大,在鹽、重金屬污染、干旱、低溫、病原物侵染等逆境


條件下,DNA甲基化的程度和狀態可調控植物的逆境響應。


2、動植物生長發育和衰老研究:在動植物的不同發育階段,DNA甲基化的水平和類型均具有一定特異性,而且是


動態可逆變化的。WGBS可在表觀遺傳層面。輔助研究動植物生長發育和衰老的分子機理。


3、腫瘤等疾病生物標記物研究:DNA甲基化在腫瘤等復雜疾病的發生發展中發揮重要作用,而且通常在疾病的早


期發生顯著變化,早于基因的變異,因此常作為生物標記物用于疾病的早期診斷和預后檢測。


4、藥物或生長調節物質等機理研究:藥物和生長調節物質在生物體內發揮作用的過程中, DNA的甲基化水平會


發生變化,并參與到其中,因此,對于DNA甲基化的研究有助于揭示藥物的作用機理,為臨床治療提供靶點。

(1) 組織樣品≥50mg


考慮到部分DNA甲基化具有組織、發育階段、環境


響應等特異性,除目標實驗條件外,建議用于


WGBS分析的樣本盡量采自同一年齡、同一組織、


同一部位的材料,并在同一天的相同時間段采樣


并記錄。


(2)DNA樣品


請提供總量≥10μg/樣本,但可低至100ng/樣本,濃度


≥100ng/μL的DNA;


OD260/280介于1.8-2.0之間;


電泳檢測無明顯RNA污染,基因組條帶清晰、完整,無降解;


送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;


樣品保存期間切忌反復凍融;


送樣時請使用干冰運輸。


注:為提高DNA提取和文庫構建成功率,加速項目進展,建議您在條件允許情況下適當多送樣;不同樣品之間存在差異,詳情請向烈冰咨詢。


實驗流程

數據分析流程

文獻示例

(1)Wang, Z. et al. Decreased Methylation Level of H3K27me3 Increases Seizure Susceptibility.MolNeurobiol.2016 Nov :1-10. doi:10.1007/s12035-016-0197-4 (IF=6.19)

(2)Cheng, J. et al. SUMOylation of MeCP2 is essential for transcriptional repression and hippocampal synapse development. J. Neurochem. 2014 Mar;128(6):798-806.(IF=4.083)

(3)Liu H, et al. Integrative analysis of DNA methylation, mRNAs, and small RNAs during maize embryo dedifferentiation. BMC Plant Biol. 2017 Jun 15;17(1):105. (IF=3.964)

(4) Ma FF, et al. Hypermethylation of AKT2 gene is associated with neural-tube defects in fetus. Placenta.2016 Dec;48:80-86. (IF=2.972)


(5) Xibi Fang, Zhihui Zhao, Haibin Yu, Guangpeng Li, Ping Jiang, Yuwei Yang,Runjun Yang, Xianzhong Yu.Comparative genome-wide methylationanalysis of longissimus dorsi musclesbetween Japanese black (Wagyu) and ChineseRed Steppes cattle.PloS ONE. 2017 Aug;12(8):e0182492(IF=2.806)


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